O acesso ao porto de Santana é feito principalmente por vias rodoviárias e fluviais.

ACESSO RODOVIÁRIO: O acesso rodoviário é feito pelas rodovias AP-010, ligando as cidades de Macapá e Mazagão; BR-210 (Perimetral Norte) encontra a BR-156, próximo a Macapá, e na área urbana, pela Rua Cláudio Lúcio Monteiro e na Rua Manoel F. Guedes onde alcança as instalações portuárias

ACESSO FLUVIAL: O acesso marítimo é feito pelo Rio Amazonas, pela Barra Norte, situada entre as ilhas Janaucu e Curuá e pela Barra Sul, delimitada pelas ilhas de Marajó e Mexiana; pelo canal natural de Santana, braço norte do Rio Amazonas, com largura variável entre 500 e 800 m e profundidade operacional de 11,5 m.