O Porto está localizado na margem esquerda do rio Amazonas, no canal de Santana, em frente à ilha de mesmo nome, a 18 km da cidade de Macapá, capital do estado do Amapá. O Porto de Santana dispõe de acesso rodoviário e fluvial, porém não há acesso direto ferroviário nem dutovias, embora haja uma ferrovia no estado, a Estrada de Ferro Amapá (EFA), com 196 km desde a Serra do Navio até o terminal de uso privativo da Anglo Ferrous Brazil S/A, a cerca de 2 km das instalações atuais do porto.